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              北京鑒聯基因科技有限公司
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              小鼠細胞STR鑒定的檢測問題及誤區

                案例分析     |      2023-02-28 13:59:02

                     細胞STR鑒定國際標準推出以來,至今已有12年。人源細胞STR鑒定的公開可參比數據已增至8000+,然而小鼠細胞STR可參比數據則很少,目前為84個(截止2023.1).

                    STR鑒定關注的細胞質量控點主要有2個:一個是細胞系的身份識別,另一個是細胞系的種類交叉污染。

                    對于人源細胞系目前有大量的參考STR數據可比對,所以鑒定檢測的頻率更高。

                    對于小鼠細胞系,因公布的參考STR數據較少,所以鑒定檢測的頻率則較低。但是正因此,才需要對更多的小鼠細胞進行STR檢測,通過與現有的小鼠STR數據比對,排除被已知STR數據的小鼠細胞污染或錯誤識別。進行小鼠細胞STR檢測既能滿足發表文章雜志編輯對STR數據提交的要求,同時得到了相關小鼠細胞的STR數據,便于接受更多的第三方進行評估。

                   然而在這個過程中,總會有些不規范和不合理的現象及結果會誤導大家對小鼠細胞STR鑒定的認識。

                    在我們進行小鼠細胞STR檢測的過程中,對所遇到的不規范不合理現象總結出來,供行業參考以避免不合理的結果解釋和認識誤區。

                     一、目前小鼠細胞STR鑒定的標準位點為18個而非9個。

                    2019年,ATCC、NIST等單位聯合發表了一篇文章:《Interlaboratory study to validate a STR profiling method for intraspecies identification of mouse cell lines》,其中明確了小鼠細胞STR鑒定聯合采用1-1、1-2、2-1、3-2、4-2、5-5、6-4、6-7、7-1、8-1、11-2、12-1、13-1、15-3、17-2、18-3、19-2、X-1等18個STR位點。并公布了相關小鼠細胞的18個STR位點數據。目前cellosaurus數據庫提供的小鼠細胞STR參考數據都是基于18個小鼠STR位點的。由此可見小鼠細胞STR鑒定的標準位點是18個,對于采用9個小鼠STR位點進行的檢測,其匹配準確度自然大打折扣。

              小鼠STR-18位點-30K.gif

                    二、對于沒有公布STR參考數據的小鼠細胞,檢測結果卻是100%匹配結果的討論

                    一般進行細胞STR數據比對時,都是以國際公布的STR數據庫進行盲比,根據匹配度高低反應該細胞的真實身份。尤其對于小鼠細胞,因公布的參比數據有限,可能很多小鼠細胞STR數據與數據庫比對后沒有80%(參考人源細胞的認定標準)以上的結果。而對于數據庫都沒有提供STR數據庫的細胞,匹配度也達到100%的情況,可能的解釋只有企業自身有某個細胞,先行檢測了該細胞STR數據后并作為標準依據,而不是與國際標準細胞庫的數據進行比對的匹配結果。但需要注意的是,該標準數據應首先與目前國際公布的數據進行盲比以排除該細胞沒有被已知細胞污染。在此前提下,該數據暫可作為企業內部質控的評估依據。但以此作為認定依據時,需謹慎。附圖說明:1、MLE-12細胞,國際的標準STR數據庫未見該細胞的STR數據。2、檢測結果提示檢測細胞與MLE-12細胞的匹配度為100%,但備注的說法又與細胞庫描述的MLE-12細胞的背景信息不符。

              小鼠MLE-12細胞.jpg

                    三、對于小鼠細胞STR分型結果的解釋

                    STR分型結果反映的是該基因位點的核心重復序列的重復次數,所以結果是形如“12,13”的形式。在實際檢測過程中,因為有等位基因標準品ladder,可直接得到”12,13”等分型結果。確保同一樣本不同時間,不同人員,不同儀器的可檢出重復結果。如果沒有等位基因標準品ladder,檢測分析時首先得到的是該STR基因位點的片段長度值(如:233.89),通過片段長度值及該位點的重復堿基數推算出“12,13”的分型結果。但此種缺乏標準品ladder的分析,因每次電泳的長度值存在偏離,存在分型錯誤的風險。如圖所示:

              小鼠細胞STR分型檢測片段長度.jpg

              圖片7-44k.jpg



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